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La tecnica di microscopia a scansione laser in fluorescenza può essere utilizzata solamente con microscopi molto speciali, ovvero i microscopi confocali.
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| un microscopio confocale |
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Nel microscopio confocale un fascio parallelo di luce (1) viene trasferito sul preparato (3) tramite l'obiettivo (2). Nel percorso ottico si trovano degli scanner (4), tramite i quali il raggio di luce scansiona il preparato (3). La luce di fluorescenza qui generata ritorna indietro attraverso gli scanner – in tal modo il movimento del raggio viene nuovamente neutralizzato –, passa attraverso il partitore cromatico (5) e viene focalizzata sul pinhole (6). Dietro il pinhole, la luce di fluorescenza viene separata dalla luce d'eccitazione mediante il filtro di sbarramento (7) e misurata in continuità da un fotorivelatore (8). Il computer compone un'immagine elettronica prodotta da tutti questi valori misurati. E' essenziale che solo la luce di fluorescenza proveniente dal piano focale dell'obiettivo (3) possa passare attraverso il pinhole (6) ed il filtro spaziale (A). La luce proveniente da altri piani del preparato (ad es. 3a) viene bloccata molto efficacemente dal pinhole (6).
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